かつて朝倉家の令嬢として育った朝倉澪。 しかし自分が実の娘ではないと判明し、朝倉家が本当の娘・朝倉美月を取り戻したことで、澪は家も身分もすべて失う。 そんな中、美月は密かに「遺伝子マッチング」を利用し、澪と遺伝子適合率100％の男性を見つけ出し、澪の知らないうちに二人の婚姻登録まで済ませてしまう。 平民となった澪は朝倉家と縁を切り、学院で機体の知識を学ぶことに専念しようと決める。恋愛には興味のない澪。 だが一方で、その男は「遺伝子適合率100％」の澪に強い関心を抱いていた。 運命に結ばれた二人の関係は、やがて大きく動き出す――