全世界の人間が突如としてセンチメートルサイズに縮み、文明秩序は崩壊。見慣れた世界は巨大なものに脅かされるジャングルと化した。大学生・陳暮は生死の危機の中で「無限進化システム」を覚醒させる。それは生物質を喰らうことで進化を続け、倒した覚醒者の能力を奪うことを可能にするものだった。彼は同じく異能を覚醒した、無口で心の温かい学内トップの美人・林晩と共に、危険に満ちたミクロの世界を生き抜く。二人はやがて、怪しい企みを持つ覚醒者、変異生物、感染者、そして「新たなる神」を信奉するカルト集団と遭遇し、世界異変の根源が散らばる「異星晶核」にあることを徐々に知る。全球変異を元に戻すため、陳暮は晶核を集める旅に出る。