Mario yang berhasil menyelesaikan semua level dalam uji coba tertutup game misteri, setelah kembali ke dunia nyata, game tersebut secara resmi hadir di Planet Biru. Kini ia harus gunakan ilmu dan atribut penuhnya untuk kalahkan semua tantangan, kumpulkan sekutu, ungkap konspirasi dan akhirnya mematikan game tersebut untuk selamatkan umat manusia.