« Ombres sous le toit » raconte l'histoire de Julien Dubois, qui retourne dans sa ville natale pour rendre visite à sa famille et découvre accidentellement la vérité sur la mort de ses parents, survenue il y a de nombreuses années. Après son retour, Julien constate que les villageois se comportent étrangement avec lui et que des rumeurs courent selon lesquelles sa vieille maison familiale serait hantée. Au cours de l'enquête, il découvre de nombreux indices suspects, tels que des emballages de mort-aux-rats dans la vieille maison et l'étrange comportement d'Isabelle Dubois, ce qui l'amène peu à peu à soupçonner qu'Isabelle est liée à la mort de ses parents. Au fur et à mesure que l'enquête s'approfondit, Élise Moreau apparaît, manipulant un idiot pour qu'il joue le rôle d'un fantôme, incitant Julien à chercher la vérité. Finalement, Isabelle Dubois révèle la vérité : elle a renvoyé Élise Moreau pour la protéger, ainsi que la vérité sur la mort des parents de Julien et de Gérard Lefevre. Élise Moreau résout également ses conflits intérieurs et se réconcilie avec Isabelle Dubois, Julien et Isabelle Dubois mettent fin à leur éloignement et la vie de chacun connaît un nouveau départ.