民国初年、金陵の林家は代々「技は男に伝え女に伝えず」の祖訓を守ってきた。直系に残るのは17歳の林溪と14歳の弟・林安のみ。林安は姉を救う際に両足を負傷して不自由となり、鍼を打てなくなってしまう。天賦に恵まれた林溪は男装し、弟の身分を名乗って4年間医を営み、家督を狙う叔父・林永昌親子の目を欺いてきた。 ある日の無料診療で、林溪は貧しい人々を守ろうとして都督の令嬢・段薇薇と衝突し、その際に女子であることが露見。診療所は破壊され、弟の林安は姉を守ろうとして重傷を負う。林永昌はこの機に乗じて林溪と林安を水牢に沈めようとするが、そこへ趙大帥の副官が「少年神医」を迎えに訪れる。林永昌は息子の林浩を偽りの神医として送り込む。 林溪と林安は監禁され、林安は重傷のためこの世を去る。最期に姉に遺した言葉は「家督を守り抜き、林家を再興してほしい」というものだった。 林浩は腕前が拙く、趙大帥の命の危機にある孫娘の病状を悪化させる。やむを得ず林永昌は林溪を連れてくる。林溪が施術中、段薇薇に女子であることを再び暴かれる。趙大帥は激怒し、処刑を命じる。その時、府医が小さな令嬢は呼吸を停止した