突如として全人類が数センチに縮小し、文明は崩壊。見慣れた日常は、すべてが巨大な脅威となる巨物の森へと姿を変えた。生死の境を彷徨う中、大学生の陳暮は無限進化システムを覚醒させる。それは、生物を喰らい、倒した能力者のスキルを奪い去るという規格外の力だった。彼は、同じく能力に目覚めたクールな美少女・林晩と共に、危険に満ちたミクロの世界を生き抜くことに。悪意ある能力者、異変生物、そして新神を崇める狂気のカルト集団……次々と迫る脅威を退けるうち、二人は世界を狂わせた元凶である謎の物質異星の晶核の存在に行き着く。世界を元に戻すため、晶核を集める旅に出る陳暮。だが、進化の果てに彼らが目にする真実は、果たして希望なのか、それとも――