南家の次男・南天才は全国有名な京王市第一高校の特訓クラスに入った、が、彼はいつも「ポンコツ成績システム」に悩まされ、試験の点数がいつも60点しか取れないと言う。それゆえ、彼は家族や同級生にバカにされたり、好きな子になめられたり..。ある日、学校の先生が試験紙を間違えて国の科学研究所の試験紙を配ってしまい、そして南天才は60点で合格！この件で全員が仰天し、彼を真の天才だと呼ぶようになった。しかし、彼の両親は彼を信じず、兄の南瑞希に身代わりとして科学研究所へ行けと。幸い、科学研究所の所長が南天才を助け、天才くんある特殊な試験で満点を取り、更に大事な科学研究項目に突破となる解答を与えた。皆が後悔して天才くんに媚を売っても、彼はやっぱり振り向くことはしない。